Ghemicalin lisätoimintoja
Ghemicalin perusohjeessa tutustuttiin perustoimintoihin ja esimerkiksi molekyylien mallintamiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan muihin ohjelman peruskäytössä hyödyllisiin ominaisuuksiin.
Johdanto
Seuraavassa on muutamia yleiskäytössä hyödyllisiä Ghemicalin toimintoja ja ominaisuuksia. Ohjeen hyödyntämiseksi suositellaan tutustumista aiempiin Ghemicalia koskeviin artikkeleihin.
Tallentaminen ja avaaminen
Ghemicalilla tehdyt molekyylit voidaan luonnollisesti tallentaa ja avata uudelleen käsiteltäviksi. Tallentaminen tapahtuu seuraavasti:
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse File > Save As..
- Valitse tallennettavalle tiedostolle sijainti ja syötä sille nimi
- Napsauta OK
Molekyylin avaaminen tapahtuu esimerkiksi seuraavasti.
- Valitse ohjelma ikkunan vasemmasta yläkulmasta File > Open..
- Valitse avattava tiedosto ja napsauta OK
Esitystavat
Ghemicalissa mallinnettuja molekyylejä voidaan esittää muutamalla eri tavalla. Esitystavan vaihtaminen tapahtuu seuraavasti.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Render > Render Mode > (Haluttu esitystapa)
Mahdolliset esitystavat on esitelty kuvien kanssa seuraavassa.
Ball & Stick
Oletuksena oleva esitystapa, jossa atomit esitetään palloina ja sidokset niiden välisinä viivoina.
Van der Waals
Pallomainen esitystapa joka määräytyy Van der Waal-säteiden mukaisesti.
Cylinder
Sylinterimäinen esitystapa.
Wireframe
Molekyyli esitettynä rautalankamallina.
Molekyylin ominaisuudet
Etäisyyksien ja kulmien määrittäminen
Ghemicalin avulla on helppo määrittää kahden atomin välinen etäisyys seuraavasti.
- Valitse työkaluriviltä Measure-työkalu
- Napsauta kahta atomia joiden välinen etäisyys halutaan määrittää
- Tulos tulee näkyviin ohjelmaikkunan tulostusalueelle
Sidosten välinen kulma määritetään samalla tavalla, mutta tällöin valitaan kolme atomia jotka mitattavan kulman muodostavat.
Molekyylin rakenteen kaava
Käsiteltävän molekyylin rakennekaava saadaan laskettua seuraavasti.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Compute > Formula
Avautuneessa ikkunassa ilmoitetaan molekyylin kaava.
Atomi ja sidostietojen näyttäminen
Molekyylien rakenteesta saadaan tarkempaa tietoa seuraavan valinnan avulla.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Render > Label Mode > Haluttu lisätietokenttä
Käytännöllisimpiä saatavilla olevista nimikentistä ovat esimerkiksi seuraavat.
- Index - Molekyylien atomien numerointi
- Element - Molekyylien atomien nimen lyhenne
- Bond type - Atomien välisten sidosten tyyppi
