Java/Ubuntu
Ubuntu suosittelee OpenJDK-pakettien käyttöä. Paketit löytyvät jakelun main-haarasta. Sunin (nykyään Oraclen) Javan tuki ollaan lopettamassa, koska Oracle ei enää jakele sitä Ubuntun käyttämällä lisenssillä.
OpenJDK
OpenJDK löytyy Ubuntun virallisesta main-haarasta eli niiden asennuksessa ei pitäisi olla mitään kommervenkkejä. Selain-plugin on nimeltään icedtea6-plugin, virtuaalikoneella on vaihtoehtoina openjdk-6-jdk ja openjdk-6-jre.
Sun Java
Sunin "virallisen", osittain suljetun lähdekoodin Java-toteutus on sisältynyt pakettilähteeseen multiverse. Koska Oracle ei enää salli uusien versioiden jakelua ja pahoja turva-aukkoja on löytynyt, Ubuntu on julkaissut päivityksen joka poistaa paketit käytöstä ja on korvaamassa nämä paketit tyhjillä paketeilla, jotka siis poistavat Sunin Javan koneelta.
Jos Sunin Javaa haluaa jatkossa käyttää, se pitää asentaa Oraclen sivuilta. Ubuntuun on mahdollisesti tulossa paketti, joka automaattisesti hakee ja asentaa. Kunnes sellainen paketti on olemassa asennus ja päivitykset pitää hoitaa käsin.