Työpöytäympäristö

X Windows System itsessään tarjoaa vain kaikkein yksinkertaisimmat palvelut, ja useimmiten käyttäjät ottavat sen ja X-ohjelmien lisäksi käyttöön vähintäänkin jonkinlaisen ikkunamanagerin. Linuxin suosion kasvaessa on myös kehitetty kokonaisia työpöytäympäristöjä, joissa ikkunamanagerin lisäksi on omat hallintapaneelit, palkit, taustakuvat, mahdollisuus laittaa työpöydälle kuvakkeita, jne. Suosituimpia työpöytäympäristöjä ovat KDE, GNOME ja kevyt Xfce.