Työpöytäympäristö
X Window System itsessään tarjoaa vain kaikkein yksinkertaisimmat palvelut, ja useimmiten käyttäjät ottavat sen ja X-ohjelmien lisäksi käyttöön vähintäänkin jonkinlaisen ikkunointiohjelman eli ikkunamanagerin. Linuxin suosion kasvaessa on myös kehitetty kokonaisia työpöytäympäristöjä, joissa ikkunointiohjelman lisäksi on omat hallintapaneelit, palkit, taustakuvat, tiedostonhallintaohjelmat, mahdollisuus laittaa työpöydälle kuvakkeita jne. Suosituimpia työpöytäympäristöjä ovat KDE, GNOME sekä kevyt Xfce.
Graafisia työpöytäympäristöjä ovat mm.:
Huomaa, että vaikka työpöytäympäristöillä, erityisesti GNOMElla ja KDE:llä on runsaasti niille suunniteltuja ohjelmia (kuten vaikka Konqueror-selain), työpöytäympäristön valinta ei sido käyttäjää näiden ohjelmien suhteen. GNOMEssa voi hyvin ajaa KDE-ohjelmia ja toisinpäin. Haittana tästä on lähinnä kasvanut muistinkulutus, kun useamman ympäristön kirjastoja joudutaan lataamaan muistiin.