Tiedostojärjestelmä
Linux tukee suurta määrää eri tiedostojärjestelmiä. Näitä ovat mm. ext2, ext3, ext4, ReiserFS, Reiser4, UFS, XFS, JFS, ISO 9660, NTFS, vfat ja msdos sekä verkkotiedostojärjestelmät NFS, SMB, CIFS ja GFS.
Yleensä tiedostojärjestelmäksi kannattaa valita ext3, joka eräistä teknisistä puutteistaan huolimatta on kaikkein yleisimmin käytetty ja tuettu. Myös ReiserFS (Reiser3) on sangen yleisesti käytetty ja hyvä erityisesti käsiteltäessä suurta määrää pieniä tiedostoja. Ext4 ja Reiser4 edustavat tiedostojärjestelmien uusinta sukupolvea, mutta eivät toistaiseksi välttämättä sovellu päivittäiseen käyttöön.
Windows NT:n, XP:n ja Vistan käyttämälle NTFS-tiedostojärjestelmälle saa toimivan luku-kirjoitus-tuen ntfs-3g-ajurilla. Linux-ytimeen sisältyvä NTFS-ajuri ei sisällä kirjoitustukea.