GChemPaint on molekyylien kemiallisten rakenteiden piirtämiseen tarkoitettu ohjelma. Erityisen hyvin se sopii orgaanisen kemian molekyylien rakennekuvien piirtämiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan ohjelman perustoimintoihin ja valmiiden rakennemallien hyödyntämiseen.
Ennen ohjelman käyttöön ottamista on huomioitava, että GChemPaint on vielä nuori ja kehityksen alla oleva ohjelmisto. Ohjelma on tällä hetkellä saatavilla vain englanninkielisenä ja etenkin varnhemmat versiot voivat olla epävakaita.
Seuraavassa on viitteellisesti esitelty ohjelman päätoiminnot. Parhaiten niiden käyttölogiikan oppii omaehtoisen harjoittelun avulla.
Molekyylien piirtäminen työkaluilla
Yksittäisen atomin lisääminen
Yksittäisiä atomeita voidaan lisätä työkalurivin lisäyspainikkeen avulla.
Tuplanapsautettaessa painiketta voidaan haluttu alkuaineatomi valita jaksollista järjestelmää muistuttavasta ikkunasta.
Tämän jälkeen atomi lisätään napsauttamalla työtilaa. GChemPaint lisää automaattisesti esimerkiksi yksittäisen hiilen ympärille kuuluvat vetyatomit. Esimerkkikuvassa on malliksi lisätty hiiliatomi jonka jälkeen GChemPaint on automaattisesti lisännyt sen ympärille tarvittavat vetyatomit ja muodostanut näin metaani-molekyylin.
Molekyyn lisääminen valmiista malleista
GChemPaint sisältää valmiiksi useita monimutkaisempia molekyylejä jotka voidaan lisätä käsiteltäviksi valikosta valitsemalla. Tämä tapahtuu seuraavasti.
Valitaan työkalurivin valikosta haluttu molekyyli (esimerkissä bentseeni)
Napsautetaan mallin lisäämiseen käytettävän työkalun kuvaketta
Napsautetaan työtilassa kohtaa johon molekyyli lisätään
Tämän jälkeen haluttu molekyyli on saatu lisättyä.
Sidoksen tekeminen
Molekyylien välisiä sidoksia tehdään työkalurivillä olevien sidostyökalujen avulla.
Lisää tai tee halutut rakenneosat
Valitse haluttu sidostyökalu
Vedä sidos rakenneosasta toiseen
Esimerkkikuvassa on lisätty metaani ja bentseeni-molekyylit ja yhdistetty ne yksinkertaisella sidoksella. GChemPaint piilottaa metyyliryhmäksi muuttuneen metaanin automaattisesti.
Metaani ja bentseeni molekyylit erillisinä
Bentseeni ja metaani liitettyinä yksinkertaisella sidoksella
Atomin tai molekyylin poistaminen
Yksittäinen atomi voidaan poistaa työkalurivin pyyhekumitoiminnolla.
Valitse pyyhekumi-painike
Napsauta atomia joka halutaan poistaa
Kokonainen molekyyli on helpointa poistaa valitsemalla se aktiiviseksi ja napsauttamalla näppäimistön del-painiketta.
Valitse valintatyökalu työkaluriviltä
Napsauta poistettava molekyyli aktiiviseksi
Paina del-näppäintä
Atomin tai molekyylin liikutaminen
Molekyylejä voidaan liikuttaa valitsemalla valintatyökalu ja tarttumalla hiirellä haluttuun molekyyliin.
Molekyylin tallentaminen
Mikäli molekyyli halutaan tallentaa muokattavassa muodossa toimitaan seuraavasti.
Valitse File > Save As...
Anna tiedostolle nimi
Napsauta Save -painiketta
Jos tarkoituksena on saada molekyyli esimerkiksi tekstinkäsittelyohjelmaan tallennetaan se kuvatiedostoksi.
Valitse haluttu molekyyli tai molekyylit aktiivisiksi
Valitse File > Save As Image...
Anna tiedostolle nimi, jonka lopussa on kuvatiedostonpääte .png. Esimerkiksi bentseenirengas.png.
Napsauta Save-painiketta
Tämän jälkeen molekyyli voidaan lisätä tekstin sekaan normaalina kuvatiedostona.
GCemPaintin molekyylien avaus Ghemicalissa
Molekyylien rakennekuvia piirrettäessä GChemPaint on hyvä työväline reaktioyhtälöiden tekemiseen tai jos molekyylirakenteita halutaan esimerkiksi tekstinkäsittelyn sekaan. Mikäli samoja, jo kertaalleen piirrettyjä molekyylejä halutaan tarkastella kolmiulotteisesti Ghemical-ohjelmistolla ei ole välttämätöntä piirtää niitä kokonaan uudelleen.
Miten toimitaan?
Käynnistä GChemPaint
Piirrä/avaa haluttu molekyyli tai valitse jokin valmiista malleista. Esimerkissä on avattu naftaliini-molekyyli.
Napsauta molekyyliä hiiren kakkospainikkeella
Valitse "Export to Ghemical"
Nyt molekyyli avautuu Ghemicalissa. Molekyyliä voidaan nyt pyöritellä vapaasti ja tutkia sen rakennetta.
Ensi viikon oppaassa tutustutaan tarkemmin muutamiin Ghemicalin ominaisuuksiin joilla molekyyleistä voidaan esimerkiksi laskea tarkempia tietoja.
