Multiboot
Multibootilla tarkoitetaan, että koneelle on asennettu useampi käyttöjärjestelmä (yleensä jokin Linux-jakelu ja Windows), ja koneen käynnistyessä käynnistyslatain tuo ruudulle valikon, josta voi valita käynnistettävän käyttöjärjestelmän. Usein käytetään myös termiä dualboot, sillä on melko harvinaista, että koneeseen asennettaisiin enempää kuin kaksi käyttöjärjestelmää.
Asennettaessa Linux-jakelua, asennusohjelma osaa yleensä käynnistyslatainta (lilo tai grub) asentaessaan tunnistaa koneella olevat käyttöjärjestelmät ja luoda alkuvalikon automaattisesti. Windowsin asennusohjelma taas ei tunnista koneella olevia Linuxeja, joten mikäli Windows ja Linux on saatava samaan alkuvalikkoon, on ensin asennettava Windows ja sitten Linux, tai Windows-asennuksen jälkeen käynnistettävä Linux esim. käynnistyslevykkeellä ja asentamalla sitten Linuxin käynnistyslatain.
Tiedostojärjestelmä
Eräs multibootiin liittyvä ongelma on tiedostojärjestelmän valinta. Linux ei toistaiseksi osaa kirjoittaa (käyttökelpoisesti ja luotettavasti) NTFS-osiolle. Windowsiin taas ei osaa lukea Linuxissa käytettäviä tiedostojärjestelmiä (esimerkiksi ext2-, ext3- tai ReiserFS) suoraan, vaikkakin se onnistuu erillisten apuohjelmien avulla. Jäljelle jää vaihtoehto, jota molemmat osaavat lukea ja kirjoittaa, eli FAT, joka taas ikänsä ja rajoitteidensa puolesta ei ole optimaalisin järjestelmä - Linuxin asentaminen FAT-osiolle on lähinnä älytön idea ja NT-sarjan Windowsille (kuten 2000 ja XP) se myös soveltuu melko huonosti. Monissa Linux/Windows multiboot-koneissa onkin esimerkiksi NTFS-osio Windowsia varten, ext3 tai ReiserFS Linuxia varten ja FAT sellaisia dokumentteja varten, joita molempien pitää voida vapaasti käsitellä.
Kello
Myös kellon kanssa saattaa tulla ongelmia. Windowsin kanssa koneen kelloa tulee pitää paikallisessa ajassa, kun taas monissa Linux-jakeluissa oletus on UTC. Kesä- ja talviajan kanssa saattaa myös tulla ongelmia, mikäli molemmat järjestelmät siirtävät kelloa toisistaan tietämättä. Nämä ongelmat tosin ovat nykyään vähäisempiä, sillä verkkoon kytketyssä koneessa aika voidaan hakea internetistä esimerkiksi. NTP:llä vaikka jokaisen käynnistyksen yhteydessä.