Ero sivun ”Ghemicalin lisätoimintoja” versioiden välillä
(Siirto linuxkouluun.fi:stä) |
p (siirto luokkaan) |
||
| (2 välissä olevaa versiota toisen käyttäjän tekemänä ei näytetä) | |||
| Rivi 10: | Rivi 10: | ||
* Valitse'' File'' > ''Save As..'' | * Valitse'' File'' > ''Save As..'' | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:1-ghemical-extra-tallennus.png|thumb|250px|none]] | ||
* Valitse tallennettavalle tiedostolle sijainti ja syötä sille nimi | * Valitse tallennettavalle tiedostolle sijainti ja syötä sille nimi | ||
| Rivi 19: | Rivi 19: | ||
* Valitse ohjelma ikkunan vasemmasta yläkulmasta ''File'' > ''Open..'' | * Valitse ohjelma ikkunan vasemmasta yläkulmasta ''File'' > ''Open..'' | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:2-ghemical-extra-avaaminen.png|thumb|250px|none]] | ||
* Valitse avattava tiedosto ja napsauta ''OK'' | * Valitse avattava tiedosto ja napsauta ''OK'' | ||
| Rivi 29: | Rivi 29: | ||
* Valitse ''Render'' > ''Render Mode'' > ''(Haluttu esitystapa) '' | * Valitse ''Render'' > ''Render Mode'' > ''(Haluttu esitystapa) '' | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:3-ghemical-extra-render mode.png|thumb|250px|none]] | ||
Mahdolliset esitystavat on esitelty kuvien kanssa seuraavassa. | Mahdolliset esitystavat on esitelty kuvien kanssa seuraavassa. | ||
''Ball & Stick'' | '''Ball & Stick''' | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:4-ghemical-extra-render baal stick.png|thumb|250px|none]] | ||
Oletuksena oleva esitystapa, jossa atomit esitetään palloina ja sidokset niiden välisinä viivoina. | Oletuksena oleva esitystapa, jossa atomit esitetään palloina ja sidokset niiden välisinä viivoina. | ||
''Van der Waals'' | '''Van der Waals''' | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:5-ghemical-extra-render vanderwaals.png|thumb|250px|none]] | ||
Pallomainen esitystapa joka määräytyy Van der Waal-säteiden mukaisesti. | Pallomainen esitystapa joka määräytyy Van der Waal-säteiden mukaisesti. | ||
''Cylinder'' | '''Cylinder''' | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:6-ghemical-extra-render cylinders.png|thumb|250px|none]] | ||
Sylinterimäinen esitystapa. | Sylinterimäinen esitystapa. | ||
''Wireframe'' | '''Wireframe''' | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:7-ghemical-extra-render wireframe.png|thumb|250px|none]] | ||
Molekyyli esitettynä rautalankamallina. | Molekyyli esitettynä rautalankamallina. | ||
| Rivi 62: | Rivi 62: | ||
* Valitse työkaluriviltä ''Measure''-työkalu | * Valitse työkaluriviltä ''Measure''-työkalu | ||
[[Kuva:9-ghemical-extra-measure.png|thumb|250px|none]] | |||
* Napsauta kahta atomia joiden välinen etäisyys halutaan määrittää | |||
[[Kuva:8-ghemical-extra-etaisyys valittu.png|thumb|250px|none]] | |||
* Tulos tulee näkyviin ohjelmaikkunan tulostusalueelle | * Tulos tulee näkyviin ohjelmaikkunan tulostusalueelle | ||
| Rivi 78: | Rivi 78: | ||
Avautuneessa ikkunassa ilmoitetaan molekyylin kaava. | Avautuneessa ikkunassa ilmoitetaan molekyylin kaava. | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:10-ghemical-extra-formula.png|thumb|250px|none]] | ||
=== Atomi ja sidostietojen näyttäminen === | === Atomi ja sidostietojen näyttäminen === | ||
| Rivi 92: | Rivi 92: | ||
* ''Bond type'' - Atomien välisten sidosten tyyppi | * ''Bond type'' - Atomien välisten sidosten tyyppi | ||
[[Kuva:]] | [[Kuva:11-ghemical-extra-alkuaine_nimet.png|thumb|250px|none]] | ||
== Katso myös == | == Katso myös == | ||
| Rivi 98: | Rivi 98: | ||
[[Luokka:Ohjeet]] | [[Luokka:Ohjeet]] | ||
[[Luokka: | [[Luokka:Kemianohjelmat]] | ||
Nykyinen versio 1. huhtikuuta 2020 kello 16.00
Ghemicalin perusohjeessa tutustuttiin perustoimintoihin ja esimerkiksi molekyylien mallintamiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan muihin ohjelman peruskäytössä hyödyllisiin ominaisuuksiin.
Johdanto[muokkaa]
Seuraavassa on muutamia yleiskäytössä hyödyllisiä Ghemicalin toimintoja ja ominaisuuksia. Ohjeen hyödyntämiseksi suositellaan tutustumista aiempiin Ghemicalia koskeviin artikkeleihin.
Tallentaminen ja avaaminen[muokkaa]
Ghemicalilla tehdyt molekyylit voidaan luonnollisesti tallentaa ja avata uudelleen käsiteltäviksi. Tallentaminen tapahtuu seuraavasti:
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse File > Save As..
- Valitse tallennettavalle tiedostolle sijainti ja syötä sille nimi
- Napsauta OK
Molekyylin avaaminen tapahtuu esimerkiksi seuraavasti.
- Valitse ohjelma ikkunan vasemmasta yläkulmasta File > Open..
- Valitse avattava tiedosto ja napsauta OK
Esitystavat[muokkaa]
Ghemicalissa mallinnettuja molekyylejä voidaan esittää muutamalla eri tavalla. Esitystavan vaihtaminen tapahtuu seuraavasti.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Render > Render Mode > (Haluttu esitystapa)
Mahdolliset esitystavat on esitelty kuvien kanssa seuraavassa.
Ball & Stick
Oletuksena oleva esitystapa, jossa atomit esitetään palloina ja sidokset niiden välisinä viivoina.
Van der Waals
Pallomainen esitystapa joka määräytyy Van der Waal-säteiden mukaisesti.
Cylinder
Sylinterimäinen esitystapa.
Wireframe
Molekyyli esitettynä rautalankamallina.
Molekyylin ominaisuudet[muokkaa]
Etäisyyksien ja kulmien määrittäminen[muokkaa]
Ghemicalin avulla on helppo määrittää kahden atomin välinen etäisyys seuraavasti.
- Valitse työkaluriviltä Measure-työkalu
- Napsauta kahta atomia joiden välinen etäisyys halutaan määrittää
- Tulos tulee näkyviin ohjelmaikkunan tulostusalueelle
Sidosten välinen kulma määritetään samalla tavalla, mutta tällöin valitaan kolme atomia jotka mitattavan kulman muodostavat.
Molekyylin rakenteen kaava[muokkaa]
Käsiteltävän molekyylin rakennekaava saadaan laskettua seuraavasti.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Compute > Formula
Avautuneessa ikkunassa ilmoitetaan molekyylin kaava.
Atomi ja sidostietojen näyttäminen[muokkaa]
Molekyylien rakenteesta saadaan tarkempaa tietoa seuraavan valinnan avulla.
- Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
- Valitse Render > Label Mode > Haluttu lisätietokenttä
Käytännöllisimpiä saatavilla olevista nimikentistä ovat esimerkiksi seuraavat.
- Index - Molekyylien atomien numerointi
- Element - Molekyylien atomien nimen lyhenne
- Bond type - Atomien välisten sidosten tyyppi
