Ero sivun ”Ghemicalin lisätoimintoja” versioiden välillä

Linux.fista
Siirry navigaatioon Siirry hakuun
(Kuvat lisätty)
p (siirto luokkaan)
 
(Yhtä välissä olevaa versiota toisen käyttäjän tekemänä ei näytetä)
Rivi 92: Rivi 92:
* ''Bond type'' - Atomien välisten sidosten tyyppi  
* ''Bond type'' - Atomien välisten sidosten tyyppi  


[[Kuva:11-ghemical-extra-alkuaine_nimet.png‎]]
[[Kuva:11-ghemical-extra-alkuaine_nimet.png|thumb|250px|none‎]]


== Katso myös ==
== Katso myös ==
Rivi 98: Rivi 98:


[[Luokka:Ohjeet]]
[[Luokka:Ohjeet]]
[[Luokka:Tiedeohjelmat]]
[[Luokka:Kemianohjelmat]]

Nykyinen versio 1. huhtikuuta 2020 kello 16.00

Ghemicalin perusohjeessa tutustuttiin perustoimintoihin ja esimerkiksi molekyylien mallintamiseen. Tässä ohjeessa tutustutaan muihin ohjelman peruskäytössä hyödyllisiin ominaisuuksiin.

Johdanto[muokkaa]

Seuraavassa on muutamia yleiskäytössä hyödyllisiä Ghemicalin toimintoja ja ominaisuuksia. Ohjeen hyödyntämiseksi suositellaan tutustumista aiempiin Ghemicalia koskeviin artikkeleihin.

Tallentaminen ja avaaminen[muokkaa]

Ghemicalilla tehdyt molekyylit voidaan luonnollisesti tallentaa ja avata uudelleen käsiteltäviksi. Tallentaminen tapahtuu seuraavasti:

  • Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
  • Valitse File > Save As..
  • Valitse tallennettavalle tiedostolle sijainti ja syötä sille nimi
  • Napsauta OK

Molekyylin avaaminen tapahtuu esimerkiksi seuraavasti.

  • Valitse ohjelma ikkunan vasemmasta yläkulmasta File > Open..
  • Valitse avattava tiedosto ja napsauta OK

Esitystavat[muokkaa]

Ghemicalissa mallinnettuja molekyylejä voidaan esittää muutamalla eri tavalla. Esitystavan vaihtaminen tapahtuu seuraavasti.

  • Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
  • Valitse Render > Render Mode > (Haluttu esitystapa)

Mahdolliset esitystavat on esitelty kuvien kanssa seuraavassa. 

Ball & Stick

Oletuksena oleva esitystapa, jossa atomit esitetään palloina ja sidokset niiden välisinä viivoina.

Van der Waals

Pallomainen esitystapa joka määräytyy Van der Waal-säteiden mukaisesti.

Cylinder

Sylinterimäinen esitystapa.

Wireframe

Molekyyli esitettynä rautalankamallina.

Molekyylin ominaisuudet[muokkaa]

Etäisyyksien ja kulmien määrittäminen[muokkaa]

Ghemicalin avulla on helppo määrittää kahden atomin välinen etäisyys seuraavasti.

  • Valitse työkaluriviltä Measure-työkalu
  • Napsauta kahta atomia joiden välinen etäisyys halutaan määrittää
  • Tulos tulee näkyviin ohjelmaikkunan tulostusalueelle

Sidosten välinen kulma määritetään samalla tavalla, mutta tällöin valitaan kolme atomia jotka mitattavan kulman muodostavat.

Molekyylin rakenteen kaava[muokkaa]

Käsiteltävän molekyylin rakennekaava saadaan laskettua seuraavasti.

  • Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
  • Valitse Compute > Formula

Avautuneessa ikkunassa ilmoitetaan molekyylin kaava.

Atomi ja sidostietojen näyttäminen[muokkaa]

Molekyylien rakenteesta saadaan tarkempaa tietoa seuraavan valinnan avulla.

  • Napsauta molekyylin mallinnusaluetta hiiren kakkospainikkeella
  • Valitse Render > Label Mode > Haluttu lisätietokenttä

Käytännöllisimpiä saatavilla olevista nimikentistä ovat esimerkiksi seuraavat.

  • Index - Molekyylien atomien numerointi
  • Element - Molekyylien atomien nimen lyhenne
  • Bond type - Atomien välisten sidosten tyyppi
none‎

Katso myös[muokkaa]