Muokataan sivua Ghemicalin peruskäyttö
Siirry navigaatioon
Siirry hakuun
Kumoaminen voidaan suorittaa. Varmista alla olevasta vertailusta, että haluat saada aikaan tämän lopputuloksen, ja sen jälkeen julkaise alla näkyvät muutokset.
| Nykyinen versio | Oma tekstisi | ||
| Rivi 7: | Rivi 7: | ||
== Ohjelman toiminnot == | == Ohjelman toiminnot == | ||
Ghemicalin perusikkuna näyttää perustilassa seuraavalta. | Ghemicalin perusikkuna näyttää perustilassa seuraavalta. | ||
[[Image:2-Ghemical-kayttoliittyma.png]] | [[Image:2-Ghemical-kayttoliittyma.png]] | ||
# '''Työkalurivi''' - Ohjelman päätyökalut | # '''Työkalurivi''' - Ohjelman päätyökalut | ||
# '''Välilehdet''' | # '''Välilehdet''' | ||
# '''Mallinnustila''' - Kolmiulotteinen alue | # '''Mallinnustila''' - Kolmiulotteinen alue jossa molekyylit esitetään ja mallinnetaan | ||
# '''Ohjelman tulosteet '''- Viestit joita ohjelma tulostaa toimintoihin liittyen | # '''Ohjelman tulosteet '''- Viestit joita ohjelma tulostaa toimintoihin liittyen | ||
Lisää ohjelman toimintoja on saatavissa napsauttamalla mallinnustilaa hiiren oikealla napilla. Valikon jokaista toimintoa ei tulla käymään tässä oppaassa läpi. | Lisää ohjelman toimintoja on saatavissa napsauttamalla mallinnustilaa hiiren oikealla napilla. Tällöin avautuu seuraavanlainen valikko. Valikon jokaista toimintoa ei tulla käymään tässä oppaassa läpi. | ||
=== Työkalurivi === | === Työkalurivi === | ||
| Rivi 23: | Rivi 23: | ||
[[Image:3-Ghemical-tyokalurivi.png]] | [[Image:3-Ghemical-tyokalurivi.png]] | ||
# ''Draw'' - Piirtotyökalu jolla haluttuja atomeita | # '''Draw''' - Piirtotyökalu jolla haluttuja alkuaine atomeita voidaan lisätä napsauttamalla mallinnusaluetta sekä lisätä niiden välisiä sidoksia | ||
# ''Erase'' | # '''Erase -''' Pyyhekumityökalu jolla voidaan poistaa yksittäisiä atomeita niitä napsauttamalla | ||
# ''Select'' - Valintatyökalu jolla voidaan valita haluttuja atomeja aktiiviseksi niitä napsauttamalla | # '''Select''' - Valintatyökalu jolla voidaan valita haluttuja atomeja aktiiviseksi niitä napsauttamalla | ||
# ''Zoom ''- | # '''Zoom '''- Zoomaus työkalu joka toimii pitämällä mallinnusalueella hiiren ykköspainiketta pohjassa ja liikuttamalla hiirtä eteen-taaksesuunnassa | ||
# ''Trans XY'' - Liikuta mallinnusaluetta XY-suunnassa | # '''Trans XY''' - Liikuta mallinnusaluetta XY-suunnassa | ||
# ''Trans Z'' - Liikuta mallinnusaluetta Z-suunnassa (muistuttaa | # '''Trans Z''' - Liikuta mallinnusaluetta Z-suunnassa (muistuttaa Zoomia) | ||
# ''Orbit XY'' - Kierrä mallinnusaluetta XY-suunnassa | # '''Orbit XY''' - Kierrä mallinnusaluetta XY-suunnassa | ||
# ''Orbit Z'' - Kierrä mallinnusaluetta Z-suunnassa | # '''Orbit Z''' - Kierrä mallinnusaluetta Z-suunnassa | ||
# ''Rotate XY'' - Pyöritä mallinnusaluetta XY-suunnassa | # '''Rotate XY''' - Pyöritä mallinnusaluetta XY-suunnassa | ||
# ''Rotate Z'' - Pyöritä mallinnusaluetta Z-suunnassa | # '''Rotate Z''' - Pyöritä mallinnusaluetta Z-suunnassa | ||
# ''Measure'' - Mittaa atomien välisiä etäisyyksiä napsauttamalla haluttuja atomeja | # '''Measure''' - Mittaa atomien välisiä etäisyyksiä napsauttamalla haluttuja atomeja | ||
# ''Element'' - Valitse ( | # '''Element''' - Valitse (Draw-työkalulla) piirrettävä atomi jaksollisesta järjestelmästä | ||
# ''Bond type''- Valitse atomien välisen sidoksen tyyppi | # '''Bond type '''- Valitse atomien välisen sidoksen tyyppi | ||
# ''Setup'' - Asetuksia | # '''Setup''' - Asetuksia | ||
| | ||
== Molekyylin mallintaminen == | == Molekyylin mallintaminen == | ||
Seuraavassa mallinnetaan | Seuraavassa mallinnetaan propaani-molekyyli joka on yksikertainen, suoraketjuinen alkaanihiilivety. Propani koostuu kolmesta hiiliatomista ja kahdeksasta vetymolekyylistä. Seuraavia vaiheita voidaan hyvin soveltaa erilaisten hiilivetyjen tekemiseen. | ||
=== Hiilirungon tekeminen === | === Hiilirungon tekeminen === | ||
Ensimmäisenä propaanista tehdään sen kolmihiilinen runko. Tämä tapahtuu pääasiallisesti ''Draw''- ja '' | Ensimmäisenä propaanista tehdään sen kolmihiilinen runko. Tämä tapahtuu pääasiallisesti '''Draw'''- ja '''element'''-työkaluja käyttäen. | ||
* Napsauta ''Element''-työkalua | |||
* Valitse lisättäväksi alkuaineeksi ''hiili'' (C) | * Napsauta '''Element'''-työkalua | ||
* Valitse lisättäväksi alkuaineeksi '''hiili''' (C) | |||
[[Image:4-Ghemical-alkuainetaulukko.png]] | [[Image:4-Ghemical-alkuainetaulukko.png]] | ||
* Valitse ''Draw''-työkalu | * Valitse '''Draw'''-työkalu | ||
* Napsauta ''mallinnusaluetta'' hiiren | * Napsauta '''mallinnusaluetta''' hiiren ykkspainikkeella. Tällöin atomi lisätään alueelle. | ||
[[Image:5-Ghemical-atomin lisays.png]] | [[Image:5-Ghemical-atomin lisays.png]] | ||
| Rivi 59: | Rivi 60: | ||
[[Image:6-Ghemical-atomin lisays2.png]] | [[Image:6-Ghemical-atomin lisays2.png]] | ||
Hiilien lisäämisen jälkeen lisätään niiden väliset yksinkertaiset sidokset | Hiilien lisäämisen jälkeen lisätään niiden väliset yksinkertaiset sidokset. | ||
* Valitse ''Bond type'' | |||
* Valitse sidoksen tyypiksi yksinkertainen ( | * Valitse '''Bond type''' | ||
* Valitse sidoksen tyypiksi yksinkertainen (single) | |||
[[Image:7-Ghemical-sidoksen tyyppi.png]] | [[Image:7-Ghemical-sidoksen tyyppi.png]] | ||
* Varmista että ''Draw''-työkalu on valittuna | * Varmista että '''Draw'''-työkalu on valittuna | ||
* Siirrä hiiri ensimmäisen hiilen päälle, paina hiiren ykköspainike pohjaan ja vedä sidos viereiseen hiilen pitämällä painiketta pohjassa | * Siirrä hiiri ensimmäisen hiilen päälle, paina hiiren ykköspainike pohjaan ja vedä sidos viereiseen hiilen pitämällä painiketta pohjassa | ||
| Rivi 81: | Rivi 83: | ||
Ghemical tarjoaa kuitenkin myös helpomman tavan vetyjen lisäämiseen, joka tapahtuu seuraavasti. | Ghemical tarjoaa kuitenkin myös helpomman tavan vetyjen lisäämiseen, joka tapahtuu seuraavasti. | ||
* Valitse ''Select''-työkalu | * Valitse '''Select'''-työkalu | ||
* Napsauta yksitellen jokaista | * Napsauta yksitellen jokaista hiili atomia niin että ne muuttavat värinsä vaalean punaisiksi | ||
* Napsauta mallinnusalueella hiiren kakkospainiketta | * Napsauta mallinnusalueella hiiren kakkospainiketta | ||
* Valitse avautuvasta valikosta ''Build'' | * Valitse avautuvasta valikosta '''Build''' > '''Hydrogens''' > '''Add''' | ||
[[Image:10-Ghemical-vetyjen lisays.png]] | [[Image:10-Ghemical-vetyjen lisays.png]] | ||
| Rivi 90: | Rivi 92: | ||
Tällöin Ghemical lisää automaattisesti oikean määrän vetyatomeja hiilien ympärille. | Tällöin Ghemical lisää automaattisesti oikean määrän vetyatomeja hiilien ympärille. | ||
[[Image:11-Ghemical-vetyjen lisays2.png]] | [[Image:11-Ghemical-vetyjen lisays2.png]] | ||
Napsauttamalla hiiliatomeja uudelleen ''Select'''työkalulla saadaan atomien valinta poistettua ja väri takaisin harmaaksi. | Napsauttamalla hiiliatomeja uudelleen '''Select'''-työkalulla saadaan atomien valinta poistettua ja väri takaisin harmaaksi. | ||
=== Molekyylin rakenteen optimointi === | === Molekyylin rakenteen optimointi === | ||
Piirrettäessä molekyylejä vapaalla kädellä atomien etäisyydet ja niiden väliset kulmat eivät tule oikein. Piirtämisen jälkeen rakenne voidaan automaattisesti optimoida seuraavasti | Piirrettäessä molekyylejä vapaalla kädellä atomien etäisyydet ja niiden väliset kulmat eivät tule oikein. Piirtämisen jälkeen rakenne voidaan automaattisesti optimoida seuraavasti. | ||
* Napsauta mallinnusalueella hiiren kakkospainiketta | * Napsauta mallinnusalueella hiiren kakkospainiketta | ||
* Valitse avautuneesta valikosta ''Compute'' | * Valitse avautuneesta valikosta '''Compute''' > '''Geometry optimization...''' | ||
== Molekyylimallin pyörittäminen == | == Molekyylimallin pyörittäminen == | ||
Molekyyliä voidaan vapaasti pyörittää kolmiulotteisessa avaruudessa työkalurivin toimintojen avulla. Helpoin työkalu tähän on ''Orbit XY' '-toiminto | Molekyyliä voidaan vapaasti pyörittää kolmiulotteisessa avaruudessa työkalurivin toimintojen avulla. Helpoin työkalu tähän on '''Orbit XY'''-toiminto. | ||
* Valitse ''Orbit XY'' | |||
* Valitse '''Orbit XY''' | |||
* Paina hiiren keskipainike pohjaan ja liikuta hiirtä | * Paina hiiren keskipainike pohjaan ja liikuta hiirtä | ||