Ero sivun ”Multiboot” versioiden välillä

Eräs multibootiin liittyvä ongelma on [[tiedostojärjestelmä|tiedostojärjestelmän]] valinta. Linux ei toistaiseksi osaa kirjoittaa (käyttökelpoisesti ja luotettavasti) [[NTFS]]-osiolle. Windowsiin taas ei osaa lukea Linuxissa käytettäviä tiedostojärjestelmiä (esimerkiksi [[ext2]]-, [[ext3]]- tai [[ReiserFS]]) suoraan, vaikkakin se onnistuu erillisten apuohjelmien avulla. Jäljelle jää vaihtoehto, jota molemmat osaavat lukea ja kirjoittaa, eli [[FAT]], joka taas ikänsä ja rajoitteidensa puolesta ei ole optimaalisin järjestelmä - Linuxin asentaminen FAT-osiolle on lähinnä älytön idea ja NT-sarjan Windowsille (kuten 2000 ja XP) se myös soveltuu melko huonosti. Monissa Linux/Windows multiboot-koneissa onkin esimerkiksi NTFS-osio Windowsia varten, ext3 tai ReiserFS Linuxia varten ja FAT sellaisia dokumentteja varten, joita molempien pitää voida vapaasti käsitellä. Myös [[verkkolevy]]ä voi käyttää.