Ero sivun ”Ghemicalin peruskäyttö” versioiden välillä

# '''Mallinnustila''' - Kolmiulotteinen alue, jossa molekyylit esitetään ja mallinnetaan  

Lisää ohjelman toimintoja on saatavissa napsauttamalla mallinnustilaa hiiren oikealla napilla. Valikon jokaista toimintoa ei tulla käymään tässä oppaassa läpi.

# ''Draw'' - Piirtotyökalu jolla haluttuja atomeita ja niiden välisiä sidoksia voidaan lisätä napsauttamalla mallinnusaluetta  

# ''Erase'' - Pyyhekumityökalu jolla voidaan poistaa yksittäisiä atomeita niitä napsauttamalla

# ''Select'' - Valintatyökalu jolla voidaan valita haluttuja atomeja aktiiviseksi niitä napsauttamalla

# ''Zoom ''- Zoomaustyökalu joka toimii pitämällä mallinnusalueella hiiren ykköspainiketta pohjassa ja liikuttamalla hiirtä eteen-taaksesuunnassa

# ''Trans XY'' - Liikuta mallinnusaluetta XY-suunnassa

# ''Trans Z'' - Liikuta mallinnusaluetta Z-suunnassa (muistuttaa zoomia)

# ''Orbit XY'' - Kierrä mallinnusaluetta XY-suunnassa

# ''Orbit Z'' - Kierrä mallinnusaluetta Z-suunnassa

# ''Rotate XY'' - Pyöritä mallinnusaluetta XY-suunnassa

# ''Rotate Z'' - Pyöritä mallinnusaluetta Z-suunnassa

# ''Measure'' - Mittaa atomien välisiä etäisyyksiä napsauttamalla haluttuja atomeja

# ''Element'' - Valitse (''Draw''-työkalulla) piirrettävä atomi jaksollisesta järjestelmästä

# ''Bond type''- Valitse atomien välisen sidoksen tyyppi  

# ''Setup'' - Asetuksia

Seuraavassa mallinnetaan propaanimolekyyli, joka on yksikertainen, suoraketjuinen alkaanihiilivety. Propaani koostuu kolmesta hiil- ja kahdeksasta vetyatomista. Seuraavia vaiheita voidaan hyvin soveltaa erilaisten hiilivetyjen tekemiseen.

Ensimmäisenä propaanista tehdään sen kolmihiilinen runko. Tämä tapahtuu pääasiallisesti ''Draw''- ja ''Element''-työkaluja käyttäen.

* Napsauta ''Element''-työkalua

* Valitse lisättäväksi alkuaineeksi ''hiili'' (C)  

* Valitse ''Draw''-työkalu

* Napsauta ''mallinnusaluetta'' hiiren ykköspainikkeella. Tällöin atomi lisätään alueelle.

Hiilien lisäämisen jälkeen lisätään niiden väliset yksinkertaiset sidokset:

* Valitse ''Bond type''

* Valitse sidoksen tyypiksi yksinkertainen (''single'')

* Varmista että ''Draw''-työkalu on valittuna

* Valitse ''Select''-työkalu

* Napsauta yksitellen jokaista hiiliatomia niin, että ne muuttavat värinsä vaalean punaisiksi

* Valitse avautuvasta valikosta ''Build'' -> ''Hydrogens'' -> ''Add''

[[Image:11-Ghemical-vetyjen lisays2.png]]

Napsauttamalla hiiliatomeja uudelleen ''Select'''työkalulla saadaan atomien valinta poistettua ja väri takaisin harmaaksi.

Piirrettäessä molekyylejä vapaalla kädellä atomien etäisyydet ja niiden väliset kulmat eivät tule oikein. Piirtämisen jälkeen rakenne voidaan automaattisesti optimoida seuraavasti:

* Valitse avautuneesta valikosta ''Compute'' -> ''Geometry optimization...''

Molekyyliä voidaan vapaasti pyörittää kolmiulotteisessa avaruudessa työkalurivin toimintojen avulla. Helpoin työkalu tähän on ''Orbit XY' '-toiminto:

* Valitse ''Orbit XY''